No se que tan conocido seas de estos temas pero ahi va algo que siempre hago cuando debo dar mantenimiento:
1. Ejecuta "msconfig" y desmarca de la pestaña "inicio" todos los programas que estén ahi.
2. En la pestaña "servicios" marca "ocultar servicios de microsoft" y desmarca todos los que estén activados.
3. En opciones de carpeta desmarca "ocultar archivos protegidos y de sistema", marca "mostrar archivos y carpetas ocultos" y desmarca "ocultar extensiones para tipos de archivo conocidos" para que sepas que archivos realmente tienes. Los .lnk son vínculos, y los vínculos en memorias usb son 90% virus.
4. No instales aplicaciones de terceros, instala sólo aplicaciones de confianza y desde las webs oficiales, evita cnet, download.com y similares. Y Limítate a Adobe, Microsoft, Java, Apple, etc. la piratería es 90% virus, cuidado de dónde bajas tus programas.
5. Al instalar nuevos programas pon atención y desmarca opciones como "instalar la barra....", "instala la extensión....." y cosas asi. Error mortal es sólo dar "siguiente" sin leer lo que esta haciendo.
6. Evita descargar "descargadores" y usa torrents siempre que puedas.
7. Aprende a diferenciar publicidad de vínculos reales.
8. Los antivirus son otro tipo de malware. Ralentizan computadoras y entorpecen transacciones, además hay muchos "virus" que no son considerados "virus" en sí, y pasan por la seguridad, ralentizando a tu PC. No uses antivirus. Pero si de verdad necesitas uno, usa Avast! Free, es ligero y poco menos molesto que los demás. Poner el nivel de alertas de windows (UAC) al máximo te avisará de todo cambio y podras permitir o denegar el acceso (util si por ahi quiere entrar un virus), lee lo que la alerta dice antes de presionar "si".

Un poco de sentido común y poner atencion a lo que hace tu computadora la mantendrá estable y rápida por mucho tiempo.

Has probado desfragmentar el Disco Duro??
Eso deja muy lenta la PC... Y en último caso, se te introdujo un Virus... (En el peor de los caso...)